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PROSTEP spendet Rechenpower für Coronavirus-Simulationen

Von Rainer Bugow

Die Erforschung des Coronavirus und möglicher Therapien erfordert extrem rechenintensive Computer-Simulationen, um das dynamische Verhalten der Proteinstrukturen zu analysieren. Wir stellen Foldig@home, einem Distributed-Computing-Projekt für die Simulation des Proteinverhaltens, dafür die nicht benötigte Rechenleistung unseres firmeninternen Server-Clusters zur Verfügung und animieren andere Unternehmen, es uns gleichzutun.

Proteine sind lebenswichtige Bausteine unseres Organismus, die aber auch von Viren wie Corona genutzt werden, um unser Immunsystem zu schwächen und sich in der Lunge zu reproduzieren. Da sich die Strukturen von Proteinen ständig verändern, muss ihr dynamisches Verhalten simuliert werden, um mögliche Therapien gegen das Coronavirus, aber auch gegen andere Krankheiten entwickeln zu können. Spannend ist insbesondere der Prozess der Proteinfaltung zu komplexen dreidimensionalen Riesenmolekülen, der – wenn er fehlschlägt – zur Schädigung der Zellen und Krankheiten wie Alzheimer führen kann.

Da die Simulation des Proteinverhaltens extrem rechenintensiv ist, haben verschiedene Universitäten und Forschungsinstitute vor einigen Jahren ein Distributed-Computing-Projekt gestartet. Es nennt sich in Anspielung an den Prozess der Proteinfaltung Folding@home und bringt „Bürgerwissenschaftler“ zusammen, die freiwillig Simulationen der Proteindynamik auf ihren Computern durchführen. Unter dem Motto „I Am One In A Million“ animiert das von der Universität Washington angeführten Konsortium jeden, seine nicht benötigte Rechenleistung zu spenden.

PROSTEP ist seit kurzem einer der „Folder“. Etwa 10 bis 20 Prozent unserer Rechenleistung werden jede Nacht genutzt, um Proteinketten zu simulieren. Die Lösung ist absolut sicher, da die Folding@home-Applikation auf einer virtuellen Maschine in der DMZ, der so genannten Demilitarisierten Zone läuft. Wir möchten auch andere Unternehmen und Privatpersonen animieren, es uns gleichzutun und ihre ungenutzte Rechenleistung für den guten Zweck zur Verfügung zu stellen. Einfach hier die Software runterladen https://foldingathome.org/start-folding.

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